Nouvelles avancées dans la crosstalk
En langage clair
La recherche sur la collaboration entre l'humain et le microbiote s'est fortement accélérée ces dernières années. Autrefois, on s'intéressait surtout aux espèces bactériennes isolées : qui se trouve dans l'intestin ? Aujourd'hui, la question s'est déplacée vers ce qu'elles font — quels gènes elles activent, quelles substances elles produisent, et comment celles-ci agissent en retour sur notre propre corps. Il s'agit en réalité d'une conversation à double sens : notre corps contribue à déterminer quels microbes survivent, et ces microbes influencent à leur tour le comportement de nos propres gènes. Ces découvertes ne sont pas de simples théories. Elles expliquent pourquoi une même alimentation ou un même médicament agit chez l'un et pas chez l'autre, et elles ouvrent la voie à un meilleur diagnostic et à une prévention personnalisée. En bref : nous commençons à lire le corps comme un système cohérent plutôt que comme un ensemble de pièces isolées.
The science behind
Une première avancée est l'axe épigénome–microbiote. La recherche met en évidence une circulation à double sens : l'épigénome de l'hôte influence quels microbes survivent, tandis que les métabolites du microbiote modifient l'expression des gènes de l'hôte. Cela explique des adaptations rapides et des schémas pathologiques observés notamment dans les maladies inflammatoires de l'intestin et les troubles métaboliques. Les multi-omics rendent cela tangible en combinant génomique, transcriptomique, protéomique et métabolomique en une seule vue d'ensemble systémique : non seulement qui vit, mais ce qu'ils font.
Une deuxième couche est celle des substances signal. Les COV microbiens influencent, via l'axe intestin–cerveau, le système nerveux et le métabolisme, et de nouvelles technologies de capteurs permettent une détection en temps réel. Les métabolites eux-mêmes sont également plus riches qu'on ne l'a longtemps pensé : les acides gras à chaîne courte comme le butyrate et le propionate ne sont que la partie émergée de l'iceberg, car des catalogues de centaines de métabolites dérivés du microbiote sont désormais reliés à l'insulinorésistance, au syndrome métabolique et au diabète de type 2. Même la génétique de l'hôte joue un rôle : le groupe sanguin ABO et le statut sécréteur FUT2 contribuent à déterminer quelles bactéries colonisent l'intestin et influencent ainsi la fonction immunitaire et l'absorption des nutriments.
Le fil rouge est le co-métabolisme : la santé et la maladie naissent de l'interaction conjointe de l'ADN, de l'épigénétique, du microbiote, des métabolites et du mode de vie — et non d'une seule couche. C'est justement l'intégration de ces couches qui rend visible et exploitable la véritable complexité. Cette lecture est un accompagnement, de nature observationnelle — ce n'est pas un diagnostic médical.
Illustration & CosmoTalks

De la compréhension à la pratique quotidienne — cinq épisodes sur mesurer, comprendre et agir.
- S12·E1 — D'un test isolé à l'histoire complète
- S12·E2 — Multi-omics : le film plutôt que la photo
- S12·E3 — Pourquoi le même conseil ne fonctionne pas pour tout le monde
- S12·E4 — Mesurer, comprendre, ajuster
- S12·E5 — La prévention comme mode de vie
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• Li H., et al. (2024) — Multi-omics for decoding host–microbiome interactions. Trends Microbiol.
• Chen Y., et al. (2024) — Microbial volatile organic compounds in host–microbiome communication. Int J Mol Sci.
• Van Gucht P. — HOST (trilogie COSMO) : le corps comme un système cohérent.
Questions fréquentes
- Quelles sont les nouvelles avancées dans la crosstalk ?
- Des découvertes récentes qui montrent comment l'ADN, l'épigénétique, les métabolites et les substances signal volatiles forment ensemble un seul écosystème intégré et bidirectionnel entre l'humain et le microbiote.
- Qu'est-ce que l'axe épigénome–microbiote ?
- La circulation à double sens dans laquelle l'épigénome contribue à déterminer quels microbes survivent, tandis que les métabolites microbiens influencent l'expression des gènes de l'hôte.
- Qu'est-ce que le statut sécréteur FUT2 ?
- Une caractéristique génétique qui contribue à déterminer quelles bactéries colonisent l'intestin, et influence ainsi la fonction immunitaire et l'absorption des nutriments.
- Pourquoi les multi-omics sont-ils importants ici ?
- Parce qu'une seule couche passe à côté de la complexité. Les multi-omics combinent l'ADN, les métabolites, les COV et la variation génétique en un tout exploitable. Il s'agit d'un accompagnement, pas d'un diagnostic.
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